《果宝特攻3》讲述了 菠萝吹雪 偶然间穿越到了 古代 的水果世界。古代水果尚未经过培植改良，都是野果， 菠萝吹雪 从他们身上学习到中华兵法及古代书画，立志成为为民除害的 英雄 。 菠萝吹雪 开始修复时光机的 旅程 ，竟然遇到了水果伙伴们的 祖先 ，最后帮助他们打败了 火龙果 ，并顺利回到 现代 。
白糖一行人经历了失去师傅的悲痛之后，他们将这种悲伤转化为力量，成功击败了邪恶的傀儡师。接着，他们踏上了前往小青（王晓彤 配音）故乡——身宗的旅程。身宗四面环海，风景如画，这里的星罗班一行人开始享受难得的宁静和美景。 然而，这段短暂的快乐很快被现实的无奈和艰辛取代。他们面对前所未有的困境，遇到更为强大的敌人，必须作出艰难的道德抉择和正义判断。在残酷的现实和邪恶敌人的磨砺下，星罗班和小青都开始进一步成长和改变。这段旅程不仅考验了他们的意志和能力，也逐渐揭示了小青身世的秘密，让他们的使命和目标变得更加清晰和紧迫。这个故事突显了主人公们在面对挑战和困难时的坚韧与成长，以及他们逐步揭示和理解自己身世秘密的过程。
异世界帕拉尼来袭，和平的拉贝尔遭到攻击。在入侵者伊赛德斯的强攻下，守护拉贝尔的节气守护结界被打破，二十四节气散落失踪。为了拯救拉贝尔，同时也为了解除帕拉尼的黑暗危机，新一代的花仙魔法使者雪城爱与帕拉尼王子埃里克一起，来到地球，收复散落的节气花信。
赵祁重生到了战国时期。正值于秦始皇嬴政开启扫六合，统天下之时。毅然入伍从军，没想到竟然开启杀敌升级系统！赵祁一步步成为了大秦锐士的统帅，当看到秦始皇后，顿时惊了，自己竟然是始皇之子，大秦长公子！
漠北当下表面平静，实则暗中涌动。王后述里朵正筹划一场大会，不良帅为探查漠北动向带着一众不良人出现在漠北，以降臣为首的四大尸祖在此期间也来到漠北开了家古董羹店，而神秘的杀人凶手更弄得人心惶惶，几方势力各怀心思....
少年秦烈为守护唐思琪，不顾境界相差悬殊和梁少扬对战，同时他体内沉睡的力量开始慢慢觉醒。器具宗在玄天盟派八大门派围攻下，遭遇到宗门存亡危机！秦烈答应器具宗宗主誓死守护器具宗，与此同时，七煞谷谷主鸠琉瑜却带着最强大的秘密武器偷偷潜入灵坛，打算夺取秦烈的性命……
