小新今年5岁了，不要以为他是那种懵懂无知的小孩，他其实人小鬼大，喜欢漂亮的姐姐，收养了一条棉花糖一样的流浪狗——小白，还经常讲些无厘头的黄色笑话。小新的妈妈美伢是一个全职主妇，粗心而又有点神经质的她经常被小新捉弄得七窍生烟，爸爸野原亦经常被这两母子搞得晕头转向。 《蜡笔小新》的作者以一个5岁小童的眼光，40岁的成年人的心态去观察这个大千世界，看到了许多光怪陆离的景象，小新一家的幽默故事亦由此产生。
由于父亲工作的缘故，二见望（高城元气 配音）将寄宿至小镇上的阿姨家，并且在那里的“双爱学园”里完成自己初中的课程。关于这个小镇，有一个忧伤又美丽的传说，一对双胞胎姐妹同时爱上了一名年轻男子，由于男子无法做出抉择，悲伤的姐妹两化作小鸟飞翔天际。不知是不是由于这个传说的缘故，小镇上的双胞胎姐妹特别的多。 在小镇上，望结识了樱月姐妹琦罗（伊月唯 配音）和希罗（纲挂裕美 配音），一条姐妹薰子（堀江由衣 配音）和菫子（小清水亚美 配音），白钟姐妹双树（门胁舞 配音）和沙罗（水桥香织 配音）等双胞胎姐妹们，她们外表相似但个性迥异的特点吸引了望的注意。同时，在望的记忆中，幼年时曾在这里和一对姐妹许下了约定，他知道，这对姐妹正藏在这些五光十色的女孩子们中间。
拉瑟尔（小林沙苗 配音）是一个黑发蓝眼，个性坚强的少女。同时，她还有着另一重身份——魔法师。某一日，因为父亲的一句话，拉瑟尔决定踏上修炼的旅途，为了成为更好的魔法师，她必须拓宽自己的眼界，用魔法帮助更多的人。亚尔赛德（樱井孝宏 配音）拥有着悲惨的回忆，痛苦的他发誓要找到杀害自己父亲的仇人，为此，他也踏上了寻仇之旅。在一次偶然中，这样的两人相遇了，虽然旅途的目的大相径庭，但两人还是结成了搭档。 在旅途中，两人遇见了表面上轻浮内心却十分专一的男子巴洛克希德（三木真一郎 配音），后者遂即加入了两人的队伍。随着旅途的延续，纠缠在三人之间的，复杂又真挚的关系开始慢慢浮出了水面。
从行星波利斯逃脱等待重返地球的空间盘龙号，自称“雷奥尼克斯猎人”的神秘男子侵入其中。同时，其他的宇宙人们也正暗中开始行动，ZAP SPACY的船员们被捲入了这场争斗的漩涡中。就像凯特的遗言一样，崭新的雷奥尼克斯格斗已经开始了！？
