时为战国。醍醐之国主景光，在某所寺院的大堂中，向12尊鬼神像许愿领土繁荣。作为交换而诞生的景光之后嗣，身体各处都有所欠缺，被视作不祥之子而抛弃到河川之中。时光流逝，鬼神实现了与景光的约定，国家迎来了平安。这样的某天，名为“多罗罗”的年幼盗贼，与某个男人相遇。 那是鬼，还是人——两臂装有刀剑，全身皆为人造的男人“百鬼丸”，其无光之瞳紧紧盯着袭来的妖魔。
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世界闻名的凯达博士驾驶自制的时间飞船试飞时，意外发现了W宝石和鹦鹉梦梦。W宝石也引来了虎视眈眈的敌人妖尼、格鲁和发沙的觊觎。在这之后，凯达博士带领着助手丹平（太田淑子 配音）和淳子（冈本茉莉 配音）机器人小精灵及鹦鹉梦梦，驾驶着时间飞船游走于历史各个时代寻找W宝石。他们的敌人妖尼一伙也乘着时间飞船跟博士他们抢夺W宝石。在他们的激战中，邪恶的妖尼一伙屡次要释放炸弹把博士他们炸死，但每每失手，炸弹每次都落到他们自己头上。每次辛苦找到的W宝石，不知道为何都会变成普通的石头，可怜的妖尼只能望着星空悲叹......
普通的应届大学毕业生夏铃在求职之际，收到了一条奇怪的面试通知，因此误入罗刹街并遭到了危险，幸而被镇魂将曹焱兵搭救。然而接触中，曹焱兵却发现夏铃并非看起来那样普通，因为她的身体里也存在着灵力，并且寄宿着一位神秘的守护灵。与此同时，夏铃开始遭到不明身份刺客的追杀，曹焱兵亦被卷入其中，二人的命运从此开始了交集，而在这一切的背后，似乎还隐藏着某些更加危险的秘密……
漩涡博人（三瓶由布子 Yuko Sanpei 配音）虽然是七代火影漩涡鸣人（竹内顺子 配音）的儿子，但是他并不以父亲为荣，父子间充满了误会。博人为了打败父亲，准备拜师宇智波佐助（杉山纪彰 配音），与此同时，博人与佐助的女儿佐良娜（菊池心 配音）、三月（木岛隆一 饰）组成了小队，共同参加下影的考试。下影考试开始，博人求胜心切，不料考试途中，神秘反派大筒木桃式、金式发动了突然袭击，鸣人为了保护木叶村陷入了危机。博人开始重新认识这个父亲，和佐助、我爱罗等父亲的老朋友开始了拯救鸣人的战斗。
由于童年的悲惨遭遇，直枝理树（堀江由衣 配音）的个性变得十分孤僻。长着一张娃娃脸，沉默寡言，没有朋友，这样的理树成为了大家眼里的怪胎。某一日，性格傲娇爱猫如命的枣铃（民安智惠 配音），正直开朗稳重可靠的枣恭介（绿川光 配音），四肢发达头脑简单的井之原真人（神奈延年 配音），成熟勇敢剑术一流的宫泽谦吾（织田优成 配音）四人出现在了绝望的理树面前。他们自称“Little Busters”，想要利用理树的力量来完成拯救世界的重任。 就这样，理树成为了LB中的一份子，整日奔波解决一些说来宏大但其实十分平凡的委托。在相处的过程中，本来行为举止十分怪异的同伴们渐渐的变得可爱起来，理树也逐渐敞开了紧闭的心门，找回了久违的快乐。他开始明白，只要有一颗开朗向上的心，这样的生活一定能够继续下去直到永远。
2011 年，美国佛罗里达州。空条徐伦和她的爱人开车时发生了意外，她掉进了一个陷阱，被判在最高戒备的国家监狱绿海豚街监狱（又名“水族馆”）服刑 15 年。在绝望的边缘，她从父亲那里收到了一个吊坠，唤醒了她内心深处的神秘力量。“这个世界上有比死亡更可怕的事情，而在这座监狱里发生的事情绝对是其中之一。”出现在徐伦面前的神秘男孩向她传达了这条信息，令人费解的事件接连发生，父亲探监时告诉了她这一可怕的真相，以及“迪奥”这个名字……徐伦最终能否走出这座被称为监狱的石之海？最终对决拉开帷幕，乔斯达家族和迪奥长达百年的宿命对决即将结束！！
