故事舞台是在机动战士高达中的一年战争终结后七年。战争结束后一部份吉恩公国军事势力并未降伏继续在各地与地球联邦军发生军事冲突，因此地球联邦军内部强力主张追杀吉恩残余份子的激进排他势力泰坦斯（Titans）结成。由于泰坦斯对宇宙住民的强硬血腥镇压的手段，反势力奥干A.E.U.G.(台湾翻译为奥干，港译为奥古)结成。故事的开始于宇宙世纪0087年（U.C. 0087），前半主要围绕奥干和泰坦斯两派系的对抗，中段吉恩残余份子上阿克西斯(港译为阿古捷斯)登场，与奥干、泰坦斯角力周周旋，展开激战。
田中幸雄（浪川大辅 饰）是一个平凡无奇的14岁中学生，如果没有那次邂逅，他也许毕生都将淹没在芸芸众生之中，留不下任何痕迹。命运的安排，让他结识了大自己两岁的海归青年南龙介（上野裕马 饰）。龙介个性张扬，对音乐有着执拗的热爱。在纽约时他曾组建一支摇滚乐队，五彩缤纷的生活和过于执着的性格让他和乐队分道扬镳。可是龙介最终找到说唱歌手千叶恒美（大畑伸太郎 饰）和18岁的贝司手平义行（野岛健儿 饰），决心再组建一支乐队追寻梦想。随着小雄和擅长架子鼓的转学生樱井裕志（奈良彻 饰），名为BECK的双主唱乐队正式结成。钟爱摇滚的男孩们朝着心中的彼岸快意狂奔…… 本片根据ハロルド作石的同名原作漫画改编。
住在天空与海洋辉映的城镇“藤泽”的梓川咲太，就读高中二年级。 他与既是学姐又是恋人的樱岛麻衣所度过的令人雀跃的日常，随着初恋对象牧之原翔子的出现而改变。 不知为何，存在着“中学生”和“大人”两个翔子。 出于无奈开始和翔子住在一起的咲太，受到“大人翔子”的捉弄，和麻衣的关系也变得尴尬。 此时，“中学生翔子”身患重病的事实被发现，咲太的伤痕开始隐隐作痛——。
年方15岁的高中生秋月孝雄（入野自由 配音），专心学业的过程中不得不为了生计打工赚钱。母亲离家出走，他与哥哥过着看不到前方的生活。入梅之日，孝雄逃课来到日本庭园。在一座安静的小亭子里，27岁的职场女性雪野百香里（花泽香菜 配音）边吃巧克力边饮啤酒的样子引起了孝雄的注意。似曾相识的二人，仿佛约定好了一般，每到落雨之日便从世俗的烦恼中逃脱出来，相会于这座钢筋铁骨都市丛林中宛若世外桃源的幽静角落。在梅雨季节的日子里，他们的心渐渐向彼此靠拢。志愿成为手工鞋匠的秋月，决心以雪野为模特做一双鞋。 雨过天晴，艳阳高照，庭园中久久不见秋月和雪野的身影，相会无期亦有期……
在一次邂逅中得到死神的力量而成为“代理死神”的黑崎一护， 被卷入死在现世的魂魄所聚集的地方——尸魂界的动乱中，在激烈的战斗中 和同伴一起也成长了很多。 因为一护的生活，所生活的空座町发生了异变。 新的死神和新的敌人的出现，以及呼救声。 一护再次拿起斩魄刀，踏上战场。 另一方面，在尸魂界观测到现世中的虚突然连续消失 被引导到这片土地的灵魂所生活的流魂街居民们发生了失踪 并且死神们驻守的灵屋・瀞灵廷被贼军袭击。 贼军的真实身份是灭却师始祖・友哈巴赫所率领的“无形帝国”。 “无形帝国”向死神们宣战。 5天后，尸魂界被“无形帝国”歼灭 历经千年之久死神们所背负的因缘。 那个宿命和隐藏的真相终于被揭开。 一切都走向终结。 黑崎一护，最后的战斗开始了——
