神奇阿呦第二部全集故事讲述的是在神奇阿呦第一季最后一集中阿呦为了给小米去掉颜料，前往别的星球，机器流星人利用阿呦的善心逃脱，却引来了一个真正的流星人阿巴。阿呦把流星人阿巴带回小米家，但小米嫌它吵，阿巴就跑出去了。阿巴觉得实现别人的愿望很难，很伤心，想要回宇宙。
以巴克队长为领导核心，小队集结了医生、生物学家、摄像师、机械工程师等7名伙伴。他们是一群活跃在海底的小小冒险家，有着各自的爱好与独一无二的特长，在团队核心巴克队长的带领下向着未知的海域不断探索前进。精致的画面呈现与天马星空的想象力，更增添了动画的观赏性与趣味性。
