小新今年5岁了，不要以为他是那种懵懂无知的小孩，他其实人小鬼大，喜欢漂亮的姐姐，收养了一条棉花糖一样的流浪狗——小白，还经常讲些无厘头的黄色笑话。小新的妈妈美伢是一个全职主妇，粗心而又有点神经质的她经常被小新捉弄得七窍生烟，爸爸野原亦经常被这两母子搞得晕头转向。 《蜡笔小新》的作者以一个5岁小童的眼光，40岁的成年人的心态去观察这个大千世界，看到了许多光怪陆离的景象，小新一家的幽默故事亦由此产生。
讲述在“神化”时代的东京，充斥着无数的英雄——“超人”。他们的诞生理由各有不同。既有被邪恶组织改造的人，也有来自宇宙的人。既有来自魔法世界的人，也有来自古代、身为妖怪而生的人。既有被科学家制造出来的机器人，也有超自然的史前机器人。对于这些超人的跋扈，日本政府绝不打算坐视不管——
故事的開始是被認為是宇宙中心的星球，銀河鐵道的全部乾線的起點站迪斯迪尼(Destiny)。有紀學為了繼承不在世的父親和哥哥的遺志，加入守護銀河鐵 道的安全的空間鐵道警備隊(簡稱SDF)。SDF為了守護在宇宙被認為是正確的銀河鐵道的運行日程，應付在各線路發生的事故，如災害、救命急救、宇宙海盜 的討伐等。 與SDF與銀河鐵道全線拉上關系的是一神謎的美女Layla Destiny Shura，她持有看出人和生物，行星的命運的能力。她並不會隨時使用其力 量，讓旅客自己尋找自己的方向，可說是一個「命運的守護者」。可是，有人用邪惡的力量打算改變旅客的命運，迫使她發動出隱藏的力量。
工藤新一是全国著名的高中生侦探，在一次追查黑衣人犯罪团伙时不幸被团伙成员发现，击晕后喂了神奇的药水，工藤新一变回了小孩！新一找到了经常帮助他的阿笠博士，博士为他度身打造不少间谍武器。为了防止犯罪团伙对他进行报复，新一决定隐姓埋名，暗中追查他们，希望能得到解药。一日，新一 的女友毛利兰来到了阿笠博士的家寻找男友的下落，被小兰撞见的新一情急之下编造了自己名叫江户川柯南，随后柯南寄居在了小兰家。小兰的父亲毛利小五郎是一名私家侦探，新一可以籍着和他一起四出办案一起追查黑夜人的下落。柯南在小学认识步美等小学生，他们一起组织了一个少年侦探团，向罪犯宣战！
东京街头，数具男性尸体被发现，这是一场由“喰种”引发的大骚乱。大学生金木研（花江夏树 配音）原以为这一切离自己很遥远，直到一个夜里，他被自己心爱的女生袭击，原来她竟是以人肉为食的喰种。生命垂危的金木通过器官移植手术，才得以侥幸存活。而移植到金木体内的器官，来源竟然是喰种。
痊愈后，金木发现自己的身体有了某种奇怪的变化，他的一只眼睛出现喰种反应，而且他再也无法进食正常人的食物。让他感到可怕的是，他开始觉得“人类”才是满足自己食欲的对象。曾经只是一个普通人类的金木，难道从此走上狩猎人类、吞食尸体的喰种之路？
由于KING RECORDS出了岔子，电视动画和第三季同时开始的梦想破灭了…二人究竟能否活到动画开播…？
