故事舞台是在机动战士高达中的一年战争终结后七年。战争结束后一部份吉恩公国军事势力并未降伏继续在各地与地球联邦军发生军事冲突，因此地球联邦军内部强力主张追杀吉恩残余份子的激进排他势力泰坦斯（Titans）结成。由于泰坦斯对宇宙住民的强硬血腥镇压的手段，反势力奥干A.E.U.G.(台湾翻译为奥干，港译为奥古)结成。故事的开始于宇宙世纪0087年（U.C. 0087），前半主要围绕奥干和泰坦斯两派系的对抗，中段吉恩残余份子上阿克西斯(港译为阿古捷斯)登场，与奥干、泰坦斯角力周周旋，展开激战。
小学时期，四位隶属游泳学会的成员于毕业前的大会夺得冠军，留下难忘的回忆后分道扬镳。时移世逆，于高中生活变得黯然无光的一位成员七濑遥，于某天突然遇上昔日的战友松冈凛。遥一边怀旧的同时向凛提出挑战，结果被对方压倒性击倒。以此为契机，遥决定跟目前同校的橘真琴和叶月渚重新集结，加上新成员龙崎怜，成立岩鸢高中的首个游泳部。充满跃动感的男子高中生，带着份外瞩目的上半身，展开了这个关于游泳、青春与羁绊的故事……
高中毕业后，因为游泳而互相牵绊的遥等人朝着不同的方向前进。遥在东京，与曾经一同游过接力的椎名旭相遇了。唤醒了中学时代记忆的遥，心中苏醒的是“那时”的郁弥的身影。 和遥一起前往东京的真琴，开始朝着新的梦想前进。来到悉尼的凛，在新的天地实现了意外的相遇。 在各自的未来中等待着他们的，是新的战斗吧。还是，与残留的过去的记忆对峙……？ 小学生、初中生、高中生——然后是大学生。遥和朋友们在水中编织出的关于友情和青春的故事在《Free!-Dive to the Future-》中相互交融！
因过去的心理阴影而以独自的别扭思考回路讴歌着“独自生活”的比企谷八幡，由于意外的事件而被生活指导担当教师平冢静带去“侍奉部”并加入其中。他和同社团所属的令人窒息的完美美少女·雪之下雪乃，以及班级上位阶级所属的时髦女子·由比滨结衣一同，从解决班上的人际关系问题到文化祭实行委员的运营，度过着解决各种案件的每一天。时至秋日，八幡等二年级学生前去修学旅行。此时，侍奉部接收到的委托究竟是！？随着新登场的一色彩羽的加入，他们的关系更加错综复杂。——八幡空虚的价值观也有了少许变化，在这些经验过后，他的高中生活又将迎来怎样的展开！？
该作围绕第一部剧情结束十年后的世界观展开。主人公·游城十代在前往决斗学院的入学考试的途中与传说中挑战者武藤游戏戏剧性的相遇，并接受了1张卡片。但十代因此而迟到错过了考试。为此十代恳求库洛诺斯教授让他通过考试，之后就展开了挑战者之路........
有对喜欢在世界各地飞来飞去旅行的父母和一个有流浪癖的姐姐，独自生活的二之宫峻护某天却被一对诡异的兄妹缠上，只说是“从今天开始关照了”，便被迫进行同居生活。而这两人身上有着重大的秘密。据说哥哥－月村美树彦和妹妹－月村真由，都是需要别人的精气才能活下去的特异体质。但因为峻护的姐姐－二之宫凉子和美树彦是故知的关系，完全无视峻护的意见，而开始了他们的共同生活。又因为真由有严重的男性恐惧症，为了帮助她克服这个毛病，在凉子和美树彦的无视下，峻护担当起了“护花使者”的重任。再加上峻护和真由所就读的学校的学生会长－北条丽华，他们之间的三角关系便开始发展……。
就读于贵族名校——都会学院的少女藤之宫千岁（宫千岁）高傲蛮横，但在父亲过世后，藤之宫家的企业也随之破产，财产流失殆尽，留给千岁的只有一条会飞的粉红金鱼金比（小豆豆）。此后她被迫离开都会学院，来到一所即将拆除的乡下学校就读。 转校当天，千岁发现家族律师田中山（田大山）扣起了父亲数百万的财产，于是灰姑娘陡然暴富。但她恨透了都会学院学生会长由莉香（管萍香）的嘴脸，遂决定重见这所乡村中学。在此期间，她结识了华美子（娃娃）、葵彦（夏天葵）、秀一（林秀山）、不良牛歪歪等一班奇奇怪怪却心地善良的好朋友，他们之间发生了无数有趣的事情……
升入高中一年级的藤宫周开始独居生活。 他住的公寓隔壁住着学校里最出色的美少女椎名真昼。 两人虽然没有什么特别的关系，但因为周把伞借给了在雨中湿透的她，所以两人开始了奇妙的交流。 看着独自过着堕落生活的周，真昼忙着做饭、打扫房间、在各方面照顾着他。 作为邻居朝夕相处的两人，慢慢地，一点点地，连通了彼此的心。 这是一个和可爱的邻居甜蜜而焦躁的恋爱故事。
